Pourquoi utiliser un logiciel de gestion de références ? Les produits disponibles sur le marché

Pourquoi utiliser un logiciel de gestion de références ?

Il est arrivé à tout un chacun de se dire un jour, en rédigeant un article : "Mais où ai-je donc déjà entendu parler de cette nouvelle technique ?" ou "Suis-je sûr de bien avoir couvert toute la littérature sur cette protéine ?".

En tant que logiciels d'assistance, les outils de gestion de références (LGR) permettent d'organiser sa propre bibliographie, de retrouver rapidement tel ou tel article en cherchant dans une ou plusieurs bases personnelle(s) et de le citer facilement en l'intégrant dans ses propres écrits. Il pallie aussi aux défauts de notre mémoire biologique, qui est sélective donc non exhaustive.

Différentes possibilités font de Reference Manager®, EndNote®, ProCite® et les autres LGR des outils pratiques dans le cadre de la gestion des références bibliographiques :

interface, intégrée au logiciel, permettant de puiser dans les bases de données bibliographiques du web.
fonction de constitution de bases de données (mémoire personnelle) :

"minibases" répondant à une question, un sujet ou une requête bibliographique très pointus, bases plus importantes (plusieurs centaines de références) dans lesquelles on peut aller puiser en fonction du sujet de l'article que l'on veut rédiger.

fonction d'écriture automatique des références en cours de rédaction d'article; cette fonction est à l'origine des LGR.
fonction de mise en forme des bibliographies selon les styles demandés par les éditeurs.
fonctions permettant le travail partagé (envoi à des collègues et corrections possibles, avec mise à jour automatique de la base associée à l'article).
formatage des articles à l'aide d'étiquettes permettant une exploitation aisée du point de vue documentaire.

Ils sont donc plus adaptés et puissants qu'un classement des références grâce à un tableur type Excel ou un tableau Word, ou même qu'un outil de gestion de bases de données comme Access.

Les fonctions suivantes comptent parmi les plus intéressantes des LGR :

Recherche dans sa propre base
La recherche est possible sur des champs spécifiques, comme l'auteur, le nom du journal, etc.
Pour chercher dans sa base personnelle, l'utilisateur peut effectuer des requêtes de longueur illimitée comportant les opérateurs booléens AND, OR et NOT. Avec la fonction QuickFind, EndNote® affiche les résultats de recherche presque instantanément, même si la base contient plus de 10 000 références. On peut aussi utiliser les opérateurs comparatifs (>, <, =, etc.) et chercher des références situées dans un intervalle entre deux valeurs. D'autres options permettent de combiner plusieurs résultats de recherche, et de restreindre la recherche aux références affichées dans la fenêtre "Bibliothèque" (Library).

Importation
Dans EndNote® comme dans Reference Manager®, il est possible de se connecter directement sur diverses bases de données bibliographiques très utilisées en biologie, par exemple PubMed qui dépend de la National Library of Medicine (NLM) américaine, et est en accès gratuit. Des filtres d'importation (petits programmes) sont livrés avec les LGR ; judicieusement choisis, ils permettent de rendre les fichiers contenant les références rapatriées compatibles avec les LGR.
Les fichiers de références sont également compatibles entre eux, en termes d'importation, au sein des trois LGR de l'Institute for Scientific Information (ISI) : Reference Manager®, EndNote® et ProCite®.
Enfin, signalons que les stratégies de recherche peuvent être directement sauvegardées grâce à des fonctions spécifiques.

Mise à jour des références
Les références de votre base peuvent être mises à jour de deux manières différentes :

importation de références récentes dans une base préexistante, puis dédoublonnage des références présentes en double exemplaire dans la base résultante. Ce dédoublonnage est une fonction automatisée des LGR. entrée de nouvelles références manuellement.

Il est aussi possible d'interroger la base à l'aide d'opérateurs booléens, de fusionner plusieurs bases, etc.

Citation des références et articulation avec les traitements de texte
Lorsque EndNote® ou Reference Manager® est installé sur l'ordinateur de l'utilisateur, l'interface de son traitement de texte habituel est aménagée automatiquement de manière à proposer dans sa barre de menu un "dialogue" avec les bases du LGR. Lorsque l'utilisateur commence lui-même à rédiger un article, il peut ainsi choisir à tout moment les articles de sa base qu'il souhaite insérer dans son texte, et éventuellement en retrouver d'autres auxquels il n'avait pas pensé.

Les produits disponibles sur le marché

De nombreux logiciels existent actuellement sur lemarché :

en environnement Windows et Macintosh : les logiciels de l'ISI déjà cités, Papyrus®. Les logiciels de l'ISI peuvent être considérés comme des standards de fait, compte tenu de leur large diffusion.
en environnement Windows : Bibliographix® (anciennement Bibliographica), Biblioscape®, Citation®, Library Master®.
en environnement Macintosh : BiblioCite®, Bookends Plus®.
sous Unix, un package nommé LaTex a été conçu par le LORIA (CNRS); entre autres possibilités, il propose un traitement de texte et un système de préparation des documents. Il peut s'articuler avec BibTeX, module de gestion de base bibliographique incluant un compilateur, et éventuellement avec OBAS, module de recherche Web permettant de ramener des documents au format BibTeX.

Pour plus d'informations, on pourra consulter les pages web de Reference Manager® (page 1, page 2), EndNote® (page 1, page 2), ou ProCite® (page 1, page 2). Une comparaison de ces LGR est en ligne chez l'éditeur (tableau comparatif), et un tutoriel sur EndNote® est consultable.

Une description comparative des logiciels commerciaux pourra notamment être trouvée sur le site de F. Dell'Orso (Université de Pérouse, Italie) et sur le site de la médiathèque de l'Institut Pasteur. Des informations utiles figurent dans le cours de la faculté de médecine de Lausanne et sur le site du NIH. Des renseignements sur LaTeX et BibTex pourront être trouvés sur les pages suivantes: page 1 , page 2 , page 3. Le module OBAS (gratuit) est également décrit sur le portail M-Web de la société MIH Limited.